Dès 1889, l’archéologue italien Giuseppe Botti cherche à établir un musée pour Alexandrie qui protégerait ses antiquités contre le déplacement et la destruction. « La 1re collection publique d’antiquités grecques et romaines à Alexandrie fut réunie par l’Institut égyptien, elle provenait de dons de généreux particuliers », lit-on dans le catalogue du musée. Selon Botti, cette collection comprenait des monnaies dûment classifiées, un certain nombre d’inscriptions latines et grecques provenant de la nécropole orientale, une série de lampes romaines, une série d’anses de vases timbrées, quelques caricatures remarquées, etc. Botti retrace que l’arrivée de Maspero à la Direction générale des Antiquités d’Egypte fut le signal de temps meilleurs pour l’étude des antiquités alexandrines.

Botti a continué à y travailler jusqu’à ce que la décision d’établir le musée ait été publiée le 1er juin 1892. Le musée prend naissance dans une modeste maison louée et le khédive Abbas Helmi II l’inaugure le 17 octobre 1892. G. Botti en est le 1er directeur. Le plan général du musée est très simple, comprenant 8 salles et 2 corridors avec une petite cour commençant par les pièces de l’Egypte Ancienne passant par les époques gréco-romaines et les basses époques, arrivant à l’époque byzantine.

Depuis sa création, le musée déclenche une renaissance culturelle relative à l’intérêt pour les activités archéologiques de la ville. Les découvertes se multiplient et la collection devient de plus en plus grande. Il devient alors indispensable de trouver un nouveau bâtiment plus spacieux. C’est alors que la Commission municipale d’Alexandrie, voulant abriter les collections du Musée gréco-romain, ordonne en 1894 la construction de l’actuel « Palais du musée » sur les plans de l’architecte allemand M. Dietrich et l’ingénieur hollandais Lyon Stiénon dans un style néoclassique. A noter que c’est Noubar pacha, 1er ministre à l’époque, qui a posé la 1re pierre du nouveau musée qui occupait un terrain appartenant à la Commission municipale et adjacent à celle-ci. Le processus de construction dure un an. Le musée est à nouveau inauguré par le khédive Abbas Helmi II le 26 septembre 1895. Puis, il est ouvert au public en novembre de la même année. De l’extérieur, le musée a l’air d’un temple dorique tétrastyle. Et se constitue de 10 salles renfermant plus de 3 000 pièces dont la plupart sont offertes d’hommes d’affaires et de collectionneurs des antiquités. Plus le nombre de pièces augmente, plus la surface du musée et le nombre de ses salles deviennent de plus en plus grands. C’est en 1896 que deux salles s’ajoutent, tandis qu’en 1899-1900, leur nombre est de 16 galeries et le billet d’entrée est de 2 pts pour les visiteurs étrangers.

Après la mort de Botti en octobre 1903, la direction du musée reste italienne. C’est Evaristo Breccia qui en prend la direction en avril 1904 et Achille Adriani lui succède de 1932 à 1940. De 1940 à 1947, le musée est dirigé par Alan Rowe mais c’est en 1948 jusqu’à 1953 qu’Adriani reprend la direction. Les archéologues égyptiens sont responsables du musée depuis 1953.

En 1982, un grand projet de développement est mis en place pour le musée, au cours duquel un bâtiment annexe est ajouté. Il est inscrit sur la liste des antiquités islamiques et coptes en 1983. Mais en septembre 2005, le gouvernement égyptien décide la fermeture du musée afin de mener à bien un vaste projet d’agrandissement et de développement.

Etant l’un des importants musées d’Egypte, le Musée gréco-romain d’Alexandrie jouissait de visites officielles importantes comme celles du président yougoslave Josip Tito (1892-1980).

Ce musée reste unique car il est le seul entièrement dédié aux antiquités et à la civilisation de l’Egypte pendant les époques grecque et romaine.