La mission de cette association est de rechercher des sites archéologiques sous-marins d’importance historique et d’en assurer la fouille. L’IEASM fait appel à des spécialistes dans les domaines de l’archéologie, l’histoire, la conservation, la restauration, la géophysique, la géologie et les technologies de pointe. L’Institut participe aussi à la restauration des monuments trouvés et publie les résultats des études et des articles scientifiques. L’Institut publie également des livres et des articles de presse destinés au grand public, sans oublier la présentation de films et l’organisation d’expositions.

L’IEASM mène des fouilles en Egypte depuis 1992, notamment dans le port d’Alexandrie, dans Thônis-Héracléon, dans la baie d’Abouqir à l’orient de la zone Canope-Est. Il opère également à Canope, situé à l’est du port moderne d’Abouqir, ainsi que dans l’endroit où la Flotte de Bonaparte a été détruite par Nelson dans la guerre maritime d’Abouqir, au nord-est d’Alexandrie. Les missions archéologiques de l’IEASM, en coopération avec le Conseil Suprême des Antiquités (CSA), ont découvert, entre autres, la statue colossale de la divinité Hapi à l’embouchure de la branche canope du Nil. Le colosse qui mesure 5,25 mètres est exposé aujourd’hui au Grand Musée égyptien. Toujours à cet emplacement, la mission a trouvé deux statues colossales royales, peut-être de la Basse époque, qui se dressent également au Grand Musée égyptien.