1947, Ahmad Al-Sokkari, le deuxième homme des Frères musulmans, a quitté la confrérie. Les vraies raisons de cette décision ne sont pas connues, mais celles annoncées par la confrérie accusent Al-Sokkari de « se rebeller, propager la sédition (entre les Frères musulmans), communiquer avec les ennemis d’al-daawa, espionner les appels téléphoniques du guide suprême, Hassan Al-Banna, et prendre des sommes d’ar­gent de différentes sources au nom des Frères musulmans sans les remettre à la confrérie », lit-on sur le site Wikipedia Frères musulmans.

Toujours à l’époque d’Al-Banna, d’autres dissensions ont eu lieu, comme celle du groupe « Mohamad Arqa Khalid » qui a fondé plus tard le mouvement des « jeunes du pro­phète Mohamad ».

Dans les années 1950, Abdel-Rahmane Al-Sanadi a annoncé, ainsi qu’un certain nombre de ses principaux col­laborateurs, leur sortie de la confrérie, protestant contre les politiques du guide suprême, Hassan Al-Hodeibi. Le régime du président Gamal Abdel-Nasser a saisi l’occasion pour attirer un certain nombre de ces personnes et leur donner des postes dans les institutions de l’Etat, comme Sayed Sabra qui a été nommé ministre des Waqfs.

Les années 1970 et 1980, à l’époque du guide suprême Omar Al-Telméssani, ont été les plus stables dans l’histoire de la confrérie. Elles ont témoigné de plusieurs controverses mais de moindre importance.

Les années 1990 ont témoigné, quant à elles, de deux grandes dissensions. La première, à l’époque du guide suprême, Mohamad Hamed Aboul-Nasr, lorsque plus de 200 membres des Frères musulmans ont claqué la porte protestant contre « l’éloignement de la confrérie de l’islam strict ». La deuxième, en 1996, à l’époque de Moustapha Machehour, qui a témoigné de la sortie d’un grand groupe des Frères dont Aboul-Ela Madi, qui a fondé le parti Al-Wassat, qui n’a été officiellement reconnu qu’en février 2011.

Après la révolution du 25 janvier 2011, la confrérie a témoigné d’importantes contestations de la part de courants divers. Les principaux déserteurs comptaient notamment Abdel-Moneim Aboul-Fotouh, qui s’est porté candidat à la présidentielle sans l’aval du guide, Mohamad Habib, qui a démissionné après avoir contesté les résultats des élections du guide suprême, Mohamad Badie, à la tête de la confrérie, Ibrahim Al-Zaafarani qui voulait changer le règlement interne de la confrérie, et Kamal Al-Helbawi qui s’est opposé à la candidature de Khaïrat Al-Chater aux présiden­tielles.

Cette période a aussi témoigné de la séparation d’un groupe de jeunes qui ont remis en question les politiques de leurs aînés l