Le premier coup d’Etat, celui du général Ibrahim Abboud en 1958, est défait à la suite de la révolution en 1964. En 1965, Ismaïl Al-Azhari est élu président par l’Assemblée constituante. En 1969, a lieu le coup d’Etat du colonel Gaafar Al-Nimeiri, puis en 1985 celui du général Sewar Al-Dahab. Quatre ans plus tard a lieu le coup d’Etat du général Omar El-Béchir, soutenu par le Front national islamique dirigé par Hassan Al-Tourabi.
En 1993, Béchir s’autoproclame président. En 2004, l’armée soudanaise lance une vaste offensive militaire au Darfour qui réclame une répartition équitable du pouvoir et des richesses. Le Darfour était déjà en guerre avec des milices du gouvernement, les Janjawid. En 2006, et en 2008, une vaste offensive des forces soudanaises et de leurs milices est lancée dans le nord du Darfour. En juin 2011, ont lieu des affrontements entre l’armée et des groupes liés au Sud-Soudan dans l’Etat du Sud-Kordofan.
Les forc$es armées du Soudan se composent, selon une estimation en 2007 de l’International Institute for Strategic Studies, de 105 000 personnes auxquelles s’ajoutent 17 500 paramilitaires. Elles sont largement islamisées. Les généraux proviennent en majorité du centre du pays, dont la plupart des habitants sont d’origine arabe. La majorité des soldats sont d’origine africaine.
Une division qui a des conséquences importantes : les soldats refusent souvent de s’engager dans des combats menés contre leurs propres tribus ou groupes ethniques. Pour compenser, le régime fait appel aux forces des services spéciaux ou aux milices « Janjawid ».
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