Elle porte le nom d’Al-Hussein Ibn Ali Ibn Abi-Taleb, petit-fils du prophète Mohamad. Elle est fondée à l’époque fatimide (549 de l’hégire, en 1154) sous le règne fatimide d’Al-Zafir, et les historiens croient que la tête du martyr Al-Hussein y est enterrée. La mosquée est célèbre pour le fait de préserver le plus ancien manuscrit complet du Coran qui remonte au troisième calife, Osmane Ibn Affane. Elle renferme également, dans une salle fondée spécialement en 1893, sous ordre du khédive Abbas Helmi II, des monuments appartenant au prophète Mohamad, dont un échantillon de son vêtement, son récipient et applicateur du khôl, un morceau de son bâton et deux poils de sa barbe.
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