Dès leur arrivée au pouvoir en 2012, les Frères musulmans ont vite coupé les ponts avec les mouvements séculiers se rapprochant des mouvements islamistes radicaux, notamment le Djihad. Au lendemain de son élection, le président frériste, Mohamad Morsi, s’est hâté de resserrer les liens avec l’Organisation pour les droits et la réforme, un groupement islamiste dont la mission était d’agréger les éléments salafistes soutenant la confrérie. Les salafistes se sont toujours opposés à la démocratie qui, selon eux, « donne la primauté au peuple et non pas à Dieu ». En dirigeant la prière au palais présidentiel devant les chefs des mouvements islamistes, Morsi a montré qu’il était prisonnier du carcan religieux. Son ultime référence était la confrérie et son guide. Dans l’intime conviction des Frères, les Egyptiens sont soit des « croyants » ou des « incroyants ». La citoyenneté à leurs yeux était basée sur le dévouement religieux et le degré de la foi et non pas sur l’attachement à la patrie. La dérive vers l’Etat religieux radical s’est confirmée en juin 2013 lorsque Morsi a apporté son soutien à la guerre sainte contre le régime du président Assad, ceci lors d’une conférence de soutien à la Syrie. Le ton et la rhétorique adoptés durant cette conférence dévoilaient l’ampleur de la connivence qui lie les Frères aux courants islamistes auxquels ils se référaient exclusivement, suscitant chez beaucoup une inquiétude concernant leurs choix politiques et idéologiques futurs.
En coupant court aux tentatives des Frères d’instaurer un régime radical, la Révolution du 30 Juin a permis la fondation d’un Etat civil loin de toute discrimination basée sur la religion, la langue ou le sexe. Elle a surtout permis la reconstruction et la modernisation de l’Egypte loin de tout extrémisme religieux.
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