Sous le règne d’Akhenaton, un bouleversement religieux a lieu. Amon n’est plus le dieu préféré des Egyptiens, il est remplacé par Aton. Bien que le soleil soit honoré sous diverses formes, Rê ou Atoum, sous Akhenaton, il devient un dieu unique. Aton est alors le symbole principal du monothéisme solaire et fut considéré comme la puissance universelle qui dispensait la lumière, la chaleur et la vie au genre humain.

Le « disque Aton » personnifie la lumière et la chaleur qui créent la vie matérielle, la bonté, la justice et la régularité suprême de la loi qui caractérise l’univers. Akhenaton est, lui-même, considéré comme le fils spirituel du dieu qui est la force créatrice, la lumière dispensatrice d’énergie et d’harmonie universelle. Lors de la deuxième année du règne d’Akhenaton, la conception d’un « culte solaire » prend une forme où le soleil n’est pas considéré seulement comme le seigneur d’Héliopolis et de Thèbes, mais devient aussi le dieu universel de tous les pays et de tous les hommes. Le pharaon et son épouse Néfertiti sont les « stations » obligées entre Dieu et les peuples. Akhenaton, lui, donne un sens spécial lorsqu’il abandonne son nom d’Aménophis et donne à ses enfants et à sa ville des noms comprenant le nom d’Aton.

Les scènes où Akhenaton et Néfertiti sont représentés avec leurs filles sous l’effet bienveillant du soleil restent un modèle exceptionnel de ce monothéisme. De nombreux chercheurs considèrent cependant que le culte d’Aton n’a pas été très populaire, peut-être parce qu’il ne répondait pas au problème de la mort et de l’au-delà.

Le culte atonien n’est pas en fait contradictoire avec le culte amonien. Ce qui est nouveau est que ce culte engendre une autre vision religieuse plus précise : il ne donne pas seulement la supériorité à Aton — comme le clergé d’Amon le faisait avec les autres dieux — mais assimile les autres dieux pour n’en faire qu’un seul ,